商铺买卖合同纠纷主要是：
承租的地点、面积、租金、租金递增的比例及时间点、租赁保证金或者履约保证金、违约金、合同解除权、违约责任、纠纷处理途径、拆迁赔偿问题等。
1、关于承租的地点，该事项的约定，一方面涉及约定法院管辖时的选择问题，另一方面如是招商阶段还涉及出租人变更具体的店面时，相对应的违约条款设计问题;
2、关于租金递增以及时间点的问题，这里需要关注的是递增的基数，是以月租金还是季度租金还是年度租金为计算基础。而递增比例及时间点，明确约定好则承租人可以预估租赁合同履行的成本及收益问题，从而对于承租的投资是否可行作出预估;
3、关于租赁保证金或者履约保证金，一般是确保承租人依约履行合同的保证金，针对的是承租人单方违约或者损坏店面或者违反物业管理规定等，该点要详列部分情况下做好兜底条款的设计。关于纠纷处理机制，则参阅本人另一篇文章《租赁合同诉讼关系的约定—法律救济与诉讼成本的纠结》，在此不阐述;
4、关于拆迁赔偿问题，为何需要提及该问题，理由是按照《国有土地上房屋征收与补偿条例》的规定，房屋的征收及补偿仅针对房屋的所有权人，也就是说，一旦承租的店面发生征收，则国家是不对承租人进行补偿的，该问题将由房屋的所有权人与承租人自行处理。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第十七条的规定，其中对房屋所有权人的征收补偿就包括“因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。”因此，承租人必须与出租人对可能发生的征收补偿时如何处理双方的关系作出约定，因为一旦发生征收事件，则租赁合同无法继续履行，承租人最好选择出租人价值补偿，补偿的范围包括预期经营利益的损失、装修折旧损失、搬迁费用等，同时需要将前述范围具体化、数值化便于后期操作。
如何避免商铺租赁合同纠纷的发生
在承租商铺之前，需要了解该商铺的商业规划和有关政策等，如果承租人将要经营的业态不符合相关的商业规划和有关政策，比如承租一个不可经营餐饮行业的房屋准备开设酒店，必将导致人力、财力的损失。在无法确定的情形下，承租人可以在租赁合同中特别约定相关事宜作为解约条件，以此避免遭受不必要的违约责任。
一、承租商铺之前，应当赴该商铺所在房地产交易中心进行产权调查，确认以下几个重大信息：
1、房屋的用途和土地用途，必须确保房屋的类型为商业用房性质、土地用途是非住宅性质方可承租作为商铺使用，否则，将面临无法办出营业执照以及非法使用房屋的风险;
2、房屋权利人，以确保与房屋权利人或者其他由权利人签署租赁合同;
3、房屋是否已经存有租赁登记信息，若已经存有租赁登记信息的，导致新租赁合同无法办理登记手续，从而导致新承租人的租赁关系无法对抗第三人，也会影响新承租人顺利办出营业执照。
二、承租商铺的目的在于开展商业经意活动，而商业经营活动首要条件就是必须合法取得营业执照，因此，在签订商铺租赁合同时，许多条款都要围绕着营业执照的办理来设置。
主要涉及以下几个方面：
1、 原有租赁登记信息没有注销，从而导致新租赁合同无法办理租赁登记，从而导致无法及时办理营业执照;
2、 商铺上原本已经注册了营业执照，而该营业登记信息没有注销或者迁移，从而导致在同一个商铺上无法再次注册新的营业执照;
3、 房屋类型不是商业用房，从而无法进行商业经营活动，而导致无法注册营业执照;
4、 涉及特种经营行业(娱乐、餐饮等)的，还需要经过公安、消防、卫生、环境等部门检查合格，取得治安许可证、卫生许可证等证件后，方可取得营业执照;
5、 因出租人材料缺失而导致无法注册营业执照。
对于上述第1、2、3、5条情形，可在合同中设定为出租人义务，并给予出租人合理宽限期，超过一定期限还无法解除妨碍的，应当承担相应的违约责任;上述第4条情形，可设定为无责任解约情形，以保障承租人万一无法办出营业执照时可以无责任解除合同。
三、租赁合同登记备案，属于合同备案登记性质，此登记的效力主要包括以下内容：
1、登记与否不影响合同本身的生效，即使没有办理备案等记，合同依然在生效条件满足时就生效;
2、经登记的案件，具有对抗第三人的法律效力，比如，若出租人将房屋出租给两个承租人的，其中一个合同办理了租赁登记，另一个没有办理租赁登记，则房屋应当租赁给办理租赁登记的承租人，出租人并向没有租赁登记的承租人承担违约责任。
因此，建议及时赴该商铺所在地房地产交易中心办理租赁备案登记。另外，大多数工商部门在办理营业执照时，均要求租赁合同经过租赁备案登记。
四、转租需要注意
1、转租必须取得出租人书面同意，同样承租权转让中，解除原租赁合同和重潜心租赁合同，也需要征得出租人同意;
2、原承租人往往向新承租人主张一笔补偿费，主要补偿装修损失等，此笔费用不属于法定承租人应承担费用，但法律亦没有明确禁止，因此，只要双方当时协商同意的，亦会受到法律保护。建议承租人在支付此笔费用时，应当考虑分批次与转租或承租权转让错作环节结合起来支付，以此降低资金风险，并可考虑将营业执照办理成功作为该笔费用退还或解除情形。
